我院是重庆市规模最大、实力最强，集医疗、教学、科研、公益四项中心职能于一体的大型三级甲等中医龙头医院，是国家卫生健康委员会指定的国际紧急救援中心网络医院、国家爱婴医院、国家药物临床试验机构，首批国家中医药传承创新工程重点中医医院建设单位和国家中医疫病防治队伍及疫病防治基地依托中医医院，也是国家和重庆市中（西）医住院医师规范化培训基地。现为北京中医药大学附属重庆市中医院、成都中医药大学附属重庆中医院/成都中医药大学第四临床医学院。第三方排行榜位居西部领先，全国前茅。
医院现分江北区南桥寺院部和渝中区道门口院部，占地173亩，建筑面积近20万平方米。现编制床位2500张，开放床位3000张，临床科室44个，医技科室10个。年门诊量约250万人次，年出院病人近8万人次。有国家临床重点专科5个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、护理学），国家中医药管理局重点学科（中医皮肤病学）和重点专科（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、妇科、脑病科、肛肠科、骨伤科、肝病科、护理学）共11个，国家中医药管理局重点研究室1个（湿疹中医外治法重点研究室）、重庆市重点实验室3个（中医药防治自身免疫疾病、中西医结合诊治皮肤病、川渝共建感染性疾病中西医结合诊治）、二级实验室2个（生化实验室、免疫微生物实验室），卫生部诊断鉴定机构1个（化妆品皮肤病鉴定机构），重庆市临床重点专科2个（麻醉科、影像科），重庆市医学重点学科1个（皮肤科学），重庆市中医药重点学科11个（中医皮肤病学、针灸学、中医肾病学、中医痹病学、中医肝胆病学、中医肛肠病学、中医妇科学、中药炮制学、中医脾胃病学、中医肿瘤病学、中医护理学）和重点专科10个（心血管科、康复科、风湿病科、治未病中心、儿科、眼科、乳腺科、脾胃病科、耳鼻喉科、老年病科），重庆市中西医结合医疗中心3个（中西医结合皮肤病防治中心、中西医结合脑血管病康复治疗中心、颈腰腿痛治疗中心），重庆市医疗质量控制中心2个（皮肤科医疗质量控制中心、美容皮肤科医疗质量控制中心），院内研究所4个（皮肤病研究所、针灸研究所、古验方研究与成果转化中心、中药制剂研究所），是中国-新加坡中医药国际合作基地（重庆）、中国-巴巴多斯中医药中心、国家区域中医（专科）诊疗中心（皮肤、针灸）、重庆市中医特色诊疗工程技术中心、重庆市院士专家工作站、国家级和重庆市博士后科研工作站（独立招收）、中医药传承博士后工作站、重庆市中医护理临床技术指导中心、重庆市皮肤病临床医学研究中心、重庆市中医临床研究基地、重庆市中医药循证医学中心、国家（重庆）中医康复示范中心、国家（重庆）中药炮制技术传承基地。医院设有中国中医药文献检索中心重庆分中心、全国针灸临床中心重庆分中心，办有《中国中医急症》杂志。重庆市中医药学会、重庆市中西医结合学会、重庆市针灸学会和重庆市中医药行业协会均挂靠在医院。